Aquino qua đời vì biến chứng của bệnh ung thư ruột thừa[57] ở tuổi 76 vào lúc 3:18 sáng ngày 1 tháng 8 năm 2009, tại Trung tâm Y tế Makati.[58] Bà đã được chẩn đoán bệnh này vào tháng 3 năm 2008 nhưng vẫn xuất hiện trong công chúng trong năm 2009. Là một người Công giáo mộ đạo, bà vẫn tham gia Thánh lễ cuối tuần cho đến khi gần ngày được đưa vào bệnh viện vào cuối tháng 6.

Tất cả các giáo phận Công giáo đã bắt đầu làm lễ cầu siêu cho bà, trước đó họ đã có các lễ cầu nguyện để chữa bệnh cho bà.[59] Cùng lúc, chính phủ đã tuyên bố tang buồn cái chết của bà trong một tuần.[60] Cựu Tổng thống Estrada nói rằng họ đã mất một "người mẹ" và một "tiếng nói dẫn dắt nhân dân." Thượng viện cũng đã tỏ lòng thương tiếc đối với cái chết của bà; Chủ tịch Thượng viện Juan Ponce Enrile, người cùng với Fidel Ramos đã mở đầu cuộc Cách mạng Quyền lực Nhân dân, kêu gọi dân chúng cầu nguyện cho bà. Lãnh đạo phe thiểu số Aquilino Pimentel, người từng phục vụ trong nội các của bà, nói "Chúng ta sẽ luôn mang ơn Cory trong việc thống nhất cả quốc gia trong phong chiến dịch lật đổ chế độ độc tài và phục hồi nền dân chủ."[61]

Nhiều nhân vật quốc tế cũng tỏ lòng thương tiếc. Ngoại trưởng Hoa Kỳ Hillary Clinton nói rằng Aquino "đã được thế giới cảm phục vì sự dũng cảm khác thường của bà". Phát ngôn viên Nhà Trắng Robert Gibbs nói rằng "Sự dũng cảm, quyết tâm, và lãnh đạo tinh thần của bà là một nguồn cảm hứng cho tất cả chúng ta và một ví dụ của những gì hay nhất của người Philippines." Các đại sứ khác cũng gởi lời chia buồn sau cái chết của bà.[62]